La calidad de los productos se basa en la Seguridad de los Alimentos, atendiendo así mismo a la legislación propia de España y de la Unión Europea aplicando los principios de APPCC (Análisis de Peligros y Puntos Críticos de Control) y de los protocolos de Buenas Prácticas de Manipulación BRC.
La mejora contínua de los procesos y procedimientos, tanto en cultivos como en manipulación y comercialización han permitido la implantación de protocolos como:
Estas certificaciones se mantienen vigentes de forma permanente, con las correspondientes auditorias periódicas realizadas por empresas externas y por organismos públicos como el SOIVRE y la Consejería de Agricultura y Pesca de la Junta de Andalucía; todo ello, además de los continuos controles internos realizados a través de auditorias.
Recientemente, El Pilonar se ha sumado al proyecto Food Chain Partnership de Bayer, un reflejo de su compromiso con la calidad.
Para el cumplimiento de estas certificaciones se mantiene implantado un sistema de TRAZABILIDAD que posibilita la identificación del origen y el destino de cualquier partida, tanto de la fruta como del envase que entra en contacto con la misma.